国家自然科学基金是国家创新体系的重要组成部分 , 它在国家创新体系的定位是：支持基础研究 , 坚持自由探索 , 发挥导向作用。基础研究是指以认识自然现象、探索自然规律，获取新知识、新原理、新方法为主要目的的研究。基础研究的科学问题有两个来源：一是从科学自身发展提出的问题；二是从经济社会发展提出的问题。基础研究的发展既有来自科学系统自身不断拓展和深化的内部需求 , 又有来自经济社会发展的需要。为此，我们对基础研究在国家的战略地位更加明确 , 对基础研究的内涵和时代特征理解更为深刻。

作为一种国家创新体系的先进制度 , 国家自然科学基金坚持面向全国 , 自由申请 , 以广泛的学科为基础 , 鼓励自由探索 , 充分发挥科学家的首创精神；它实行与社会主义市场经济相适应的竞争机制 , 坚持 " 依靠专家 , 发扬民主 , 择优支持 , 公正合理 " 的评审原则 , 有效地促进科技资源的优化配置；它通过依靠专家进行 " 同行评议 " 的工作模式 , 集中并体现科学共同体的战略共识和智慧 , 发现和培养优秀科技人才。

近年来 , 国家自然科学基金委员会不断优化有利于自由探索和创新的环境 , 保证科学基金最基本的资助类型 -- 面上项目的经费投入 , 在适当控制批准率的基础上 , 逐步增加面上项目的资助强度；为了支持和培育探索性较强、风险较大的研究 , 对于一些研究方案不够完善 , 或前期研究基础略有不足 , 但其研究思路在科学合理性的前提下具有鲜明的创新性的项目 , 实行了小额探索项目的资助方式；同时采取切实措施 , 保护非共识创新项目。国家自然科学基金委员会根据基础研究的规律和特点 , 于 2000 年开始试点实施重大研究计划 , 这是提高我国科技持续创新能力的一项新举措。重大研究计划针对科学发展的核心问题 , 整合与集成不同学科背景、不同学术思路和不同层次的项目形成具有统一目标的项目群 , 实施相对长期（ 6 ～ 8 年）的支持。这一资助方式具有较强的导向性 , 有助于科学家的创新思想与国家战略需求相结合 , 促进学科交叉和学术争鸣 , 激励创新。继青年科学基金、杰出青年科学基金之后 , 国家自然科学基金委员会于 2000 年又启动了一类人才基金 -- 创新研究群体科学基金 , 其目的是导向群体的学术带头人 , 使其能凝聚一批学术骨干 , 形成一种合力 , 围绕一个重要方向进行学科交叉和合作研究 , 达到创新的目的 , 在经过一段时间的持续支持后 , 希望这个创新团队能够冲击世界水平。

国家自然科学基金委员会从尊重基础研究规律、贯彻科学发展观以及结合我国科技发展的实际出发 , 最近提出了新时期的 " 二十四字 " 工作方针 , 即 " 尊重科学 , 发扬民主 , 提倡竞争 , 促进合作 , 激励创新 , 引领未来 ", 这一工作方针对进一步明确科学基金的工作思路 , 不断完善科学基金制具有十分重要的指导意义。今年是科学基金 " 十五 " 计划执行的最后一年 , 科学基金 " 十一五 " 发展计划纲要的制定工作将全面启动 , 在 " 二十四字 " 工作方针的指导下 , 我们将深刻分析新时期科学技术发展趋势 , 进一步明确战略目标；深入研究科学基金资助格局和经费投入方向 , 确定计划框架；在深入开展学科战略研究的基础上 , 遴选优先资助领域；改进科学基金管理工作 , 加强政策措施的研究。